1997 beschloss der Senat der Universität Wien eine Untersuchung über den Umgang mit menschlichen Überresten von NS-Opfern an der medizinischen Fakultät. Anlass waren öffentliche Vorwürfe bezüglich des weltweit verbreiteten Anatomie-Atlas von Eduard Pernkopf (1888–1955), seit 1933 Professor für Anatomie, ab 1938 Dekan der medizinischen Fakultät und ab 1943 Rektor der Universität Wien. 1945 als politisch schwer belastet entlassen, hatte er dennoch die Arbeit an seinem Atlas fortsetzen und weiterhin auf Präparate zugreifen können. Wie die Senatskommission nachwies, hatten mehrere Institute der Wiener Medizinischen Fakultät die einzigartigen Gelegenheiten ergriffen, die sich während der NS-Herrschaft für die Beschaffung von Leichen boten. Das Anatomische Institut erhielt die Leichen von mindestens 1.377 Hingerichteten, darunter zahlreiche Opfer der politischen Verfolgung. In zumindest einem Fall wurde ein Kind, das in der Kinderfachabteilung „Am Spiegelgrund“ verstorben war, im Anatomischen Institut seziert. Die Leichen wurden im Sezierkurs und als Grundlage für die Abbildungen im Pernkopf-Atlas verwendet. Die Illustratoren Erich Lepier, Franz Batke und Karl Endtresser versahen ihre Signaturen mit Hakenkreuzen und anderen Hinweisen auf ihre politische Gesinnung. Aufgrund der Arbeit der „Pernkopf-Kommission“ wurden zahlreiche noch vorhandene Präparate aus der NS-Zeit bestattet.
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